Heiligendorf ist im Zusammenhang mit der Christianisierung wohl im 9. Jahrhundert entstanden. Die Ortsentstehung vollzog sich also im Zeichen des Kreuzes. Deshalb ist ein Motiv des Wappens das Kreuz, das auch auf den Ortsnamen anspielt. Die Form des Kreuzes lehnt sich an das bereits 1330 erwähnte, einst in der Heiligendorfer Kirche befindliche und später ins Provinzialmuseum verbrachte Kruzifix an. Dessen komplette naturalistische Wiedergabe mitsamt Christusbild wäre aus heraldischen Gründen nicht angängig gewesen, doch eignete sich die charakteristische Grundform mit den scheibenförmigen Enden gut zur heraldischen Stilisierung. Da der untere Arm des Originals von unbestimmter Länge ist, wurde das Kreuz im Wappen "wachsend" dargestellt.
Heiligendorf nahm während des Hochmittelalters im Hasenwinkel eine bedeutende Stellung ein, und zwar in zweierlei Hinsicht: zum einen in kirchlicher, denn der Parochialbezirk war einst sehr ausgedehnt; zum anderen in rechtlicher als Sitz der Grafschaft. Deshalb hat ein Winkel (in der heraldischen Fachsprache: "gestürzte Spitze") ebenfalls eine zentrale Stellung im Wappen. Da das Kreuz früher auch in der Rechtsprechung eine wichtige Rolle spielte (Gerichtskreuz, Schwur auf das Kreuz), wird die wichtige Stellung Heiligendorfs im Hasenwinkel durch die zentrale Position des Kreuzes im Winkel doppelt dokumentiert.
Die Schunter besaß zusammen mit dem sumpfigen Gelände für den Schutz des Dorfes in frühchristlicher Zeit besondere Bedeutung; erwähnenswert ist auch die wirtschaftliche Bedeutung der Wassermühle. Aus diesem Grund erscheint auch das Motiv "Wasser" im Wappen. Anstelle des schon häufig verwendeten Wellenbalkens wurde hier dem Winkel eine wellenförmige Gestalt gegeben, wodurch auch die umschließende Schutzfunktion der Schunter für den Ort symbolisiert wird.
In Heiligendorf ist noch die Erinnerung an die im Hochmittelalter bestehenden Beziehungen zu Halberstadt lebendig. Deswegen ist das Wappen in den Farben Weiß-Rot gehalten, die sowohl die Farben des Bistums als auch der Stadt Halberstadt sind. Das Wappen wurde am 9. Mai 1978 vom Ortsrat Hattorf/Heiligendorf einstimmig angenommen.
Heraldische Beschreibung: In Silber (Weiß) eine gestürzte rote Wellenspitze, worin ein wachsendes silbernes (weißes) Kreuz mit scheibenförmigen Enden.
Quelle: Arnold Rabbow: "Wolfsburger Wappenbuch"